Origini molto antiche vanta questo villaggio brianteo. Sul significato del suo nome, avente la caratteristica terminazione in “ate” propria dei nomi locali della Lombardia, avanza molte ipotesi L. ZERBI (Supplemento al Cartolario Brianteo del Sacerdote Giov. Dozio, in Arch. Stor Lomb., 1890, p.30 segg.).

Se si vuole applicare, egli dice, il nome di Acriatum ad una condizione fisica e geologica del luogo, potrebbe significare un “vico innalzato sull’antico livello della Molgora”. Infatti se il dialetto orobico risentiva del greco "α χ ρ ι ϛ" avrebbe significato “summitas montis”. Se invece si vuol fare derivare Acriatum da un nome di persona, non sono ignoti nell’antichità romana gli Acratii, come Ennio Quirino Visconti ce ne suggerisce esempio nelle gemme letterate del museo Worsleyano, o in Acratus stesso, liberto di Tiberio Claudio Nerone.

Altra ipotesi sarebbe dedotta dall’arcaico Acratus, significante vino schietto e corrispondente al merum dei latini. E in ciò troverebbesi la prova – continua il Zerbi – che nell’antichità remotissima in queste terre la vite e le vigne tenevano il primo posto. Fra Agrate e Caponago abbiamo ancor oggi un predio detto Vignolina e nelle carte del codice santambrosiano trovasi che i fratelli Deusdedit di Agrate possedevano vigne su quel di Ottavo (ora S.Cristoforo) nell’853.
Come si vede grande è la difficoltà che l’erudito incontra nel voler spiegare l’origine dei nomi di antiche terre lombarde, dove i ricordi gallici si innestano con le reminiscenze della colonizzazione romana.

Verso il 1880 si rinvennero fondazioni di indubbia origine romana, che, insieme con un’ara di granito, ora sostenente l’arcata di una porta di masseria, attestano l’esistenza di un vicus romano. Verso la metà del sec.XIX nel demolire un muro della casa parrocchiale di Agrate, fu scoperta una lapide con la seguente epigrafe cristiana che vuol essere assegnata al finire del sec.V o al principio del seguente, poiché si accenna a un Boezio console, e Boezio fu console negli anni 487, 510, 522:
Hic requiescit in
Pace Primula quae
Vixet in seculo annus
PL.M: XLV deposita
sub V idus decem
bres Boetius vivo clariss.cos

Questa lapide tramandataci dal DOZIO (Notizie di Vimercate e sua pieve, Milano 1853), fece sorgere la tradizione che in Agrate avesse avuto sepoltura la moglie di Severino Boezio, mentre invece la menzione di Boezio fa parte della data, poiché usavasi allora indicare nella data i consoli in carica nell’anno.
Moltissime memorie ci anno lasciato di questa località i secoli di mezzo. E’ dell’aprile 745 il testamento di Rottoperto “de vico Agrate” che costituisce un ospedale in Agrate per i poveri e per i pellegrini (Codex dipl.Lang., col.25, doc. XI).

Nell’anno 835 Angilberto II arcivescovo di Milano nomina Gaudenzio in abate di S.Ambrogio e tra i beni del monastero è ricordato Agrate, che viene chiamato Gratem (Codex dipl.Lang., col. 218, doc. CXXII).

Dell’anno 853 il GIULINI (Memorie ecc.I, 444) pubblica un testamento a favore del monastero di S.Ambrogio, fatto da Deusdedit prete e da Verullo suo fratello; fra le sottoscrizioni vi è quella di Deusdedit de Gratis, che doveva essere come il Dominus della località.

Più chiese furono ad Agrate: due erano dedicate a S.Martino, se pure non si deve incolpare d’errore Goffredo di Bussero, che lasciò scritto: “Grate, ecclesia S.Martini; iterum Grate Ecclesia Sancti Martini” (Liber Notitiae sanctorum Mediolani, 246 B). Una di queste forse era nel villaggio, l’altra era campestre e di patronato del monastero di S.Dionigi di Milano (GIULINI, op. cit. II, 475). Lasciata cadere in rovina nel 1570, come risulta dagli atti di una visita dell’Ordinario di Milano. Lo stesso Goffredo da Bussero menziona inoltre una chiesa dedicata a S.Eusebio, che oggi è la parrocchiale e un’altra dedicata al martire S. Donnino (Liber notitiae, 293 A e 97 B). Antiche del pari la chiesa di S.Pietro, campestre e la chiesa di S.Maria.
Il capitolo metropolitano ebbe giurisdizione e diritti di decima sul territorio d’Agrate, probabilmente avuti in donazione da qualche arcivescovo (DOZIO, op. cit.).

Nel sec. XIII Agrate doveva costituire un comune rurale, se troviamo sotto la data del 1202 febbraio 11 una transazione fra i consoli d’Agrate a nome del proprio comune e la canonica di Vimercate. Quelli di Agrate rinunciavano alla pretesa da essi avanzata che la chiesa di Vimercate dovesse dare loro ogni anno lire tre “in pascha majori post comunionem in pano et vino quod predominati vicini debebant comedere et fibere ibi presentialiter” (BISCARO, Di una antica costumanza dell’Archidiocesi milanese in Arch. Stor. Lomb., 1907. Vol.7, Documenti in appendice).

Nel 1690 fu con istrumento del 3 agosto investito del luogo di Agrate Giampaolo Arbona, per sé e maschi primogeniti. Il feudo aveva 105 fuochi, senza redditi feudali.Fu pagato L. 5.250. Nel 1708 ottobre 26 venne anche concesso da Carlo III il titolo di marchese di Agrate a Gian Carlo Arbona. Estintasi nel 1760 questa famiglia senza discendenza, il feudo venne devoluto alla R. Camera (CASANOVA, Dizionario feudale).
Agrate diede i natali a Matteo Ferrai, medico della duchessa Bianca Maria Sforza e lettore nell’Università di Pavia, e a Marco d’Agrate, che fu l’autore della famosa statua di S. Bartolomeo nel Duomo di Milano (Grande Illustrazione del Lomb. Veneto, Vol., I, p. 547).
Questa località, trovandosi in un’amenissima posizione, si è arricchita nei secoli scorsi di belle ville, fra cui le più notevoli la Villa Fè, e la Villa d’Adda.
Nei primi dell’ottocento contava 1.545 abitanti; in seguito al censimento del 1921 essi ascendevano a 4.800 circa.